吉田秀雄生誕100年を記念して、平成14年、「助成研究吉田秀雄賞」を制定しました。この賞は、財団が行った助成研究のなかから特に優れた成果を褒賞するもので、毎年11月9日、吉田秀雄の誕生日に贈賞式を行っています。賞の内容は、表彰状のほか、副賞として常勤研究者の部では、第1席100万円、第2席50万円、大学院生の部では、第1席30万円、第2席20万円。各賞1件以内とし、必要に応じて奨励賞を設定しています。